Двигатель БМВ оказался гораздо менее чувствительным к резким движениям дросселя, чем двигатели Ме-262, хотя все ещё подвержены воспламенению. Это позволило сильно облегчить для пилота Не-162 процесс посадки, в отличие от Ме-262, двигатель которого сильно ограничивал возможности маневрирования при посадке.

Основным недостатком Не-162 было очень короткое время полёта, 30 минут. Это вынуждало пилота обращать пристальное внимание на уровень топлива и сохранять его небольшой запас на случай плохой погоды или появления вражеской авиации над своим аэродромом. На самом деле, некоторые из потерянных в боях самолётов можно отнести к случаям, когда у них просто заканчивалось топливо.

Другими его проблемами были отсутствие видимости выше-сзади и неспособность хвоста выдерживать сильные перегрузки. Первая проблема вставала перед лётчиками при полёте на достаточно низкой скорости, когда самолёт не мог оторваться от поршневых истребителей, так как область видимости, которую перекрывал двигатель, является наиболее уязвимой для любого летательного аппарата. Слабость конструкции хвоста порождала чувство неуверенности у пилотов, так как Не-162 не мог выдерживать резкие маневры. Следовательно, они старались избегать их, чтобы самолёт не развалился в воздухе.

Несмотря на все эти недостатки, Не-162 стал бы эффективным оружием в руках опытного пилота, если бы война продолжалась, и легко превзошёл бы лучшие модели истребителей, созданных союзниками, возможно, даже P-80A.